1.《仙剑奇侠传三》故事发生在《仙剑》第一代的五十年前,那时候,李三思刚刚发出赤子的第一声啼哭;巫后还是襁褓中的婴儿,而剑圣,则还没有拜入蜀山修仙。
2.事情的起因是从锁妖塔顶端突然坍塌,封印被解除开始的,但是,更深层的因果却要追溯到千年前的神界。神将军飞蓬与魔将军重楼因两界的冲突而屡屡交手,一直难分胜负,两人逐渐有惺惺相惜之意。重楼提出要和飞蓬在自己发现的一处新仙界中决斗,一较高下,飞蓬碍于神界天规而犹豫再三,最终经不起重楼诱惑而答允。两人势均力敌,比试旷日持久,最终惊动了天庭,天帝派兵捉拿飞蓬问罪,飞蓬因感知到追兵将至而分心,佩剑被重楼打落人间而落败。
3.光阴荏苒,飞蓬被神界问罪贬到人间,经过多次转世成为渝州唐门新安当铺伙计景天,渴望成为蜀山大侠。同时,重楼自魔界窥探人间,发现飞蓬的转世如此卑微平凡,于是滋扰蜀山,毁坏锁妖塔,拿到飞蓬在人间第一世——姜国太子龙阳铸炼的魔剑。景天结识了唐门小姐雪见,重楼也寻到景天,向他发起挑战,并将魔剑给予了景天,从此景天改变了自己的生活。一开始被卷入雪见家族的内部斗争以及唐门和霹雳堂的争斗之中,而后遇到蜀山大弟子长卿及其未婚妻紫萱,一直隐藏在魔剑中的鬼魂也化身而出,竟然是景天前世龙阳的妹妹龙葵。
4.众人走上了协助蜀山寻找五灵珠,封印锁妖塔的漫漫征途。在这个过程中,众人互相扶持,患难与共,历经重重磨难,终于获得五灵珠,战胜了邪剑仙,维护了人间的和平。