1.结局:明日香因终日抑郁而陷入昏迷的状态,新出现的少年渚薰取代她作为二号机的驾驶员。真嗣最初同薰成为好友,但之后发现他其实是最后的使徒。薰同真嗣对战,之后意识到如果人类要茁壮成长,他自己就必须死,并要求真嗣杀了他。真嗣在犹豫过后最终杀死了薰。
2.这一行为引发了人类的强制进化,被称为“人类补完计划”,所有人类的灵魂都将被合并成一个。在最后一集中,真嗣的灵魂在精神上扭转了他自身存在的理由,并达到一种顿悟,使他能够摧毁整部片中折磨着他的由消极态度和情感所组成的墙。在结尾,真嗣笑着感谢大家,而其他人也都为他鼓掌。