1.本作中主角不再是Alex(在本作担任最终Boss;邪恶向),而换成了一个妻子女儿(女儿并未死)双亡誓要杀死Alex的特种兵——“James Heller”。本作中,Alex将Heller感染,让其拥有自己的吸收能力,并欺骗Heller黑色守望才是幕后主使,是他们杀死Heller的亲人,试图利用Heller的复仇完成自己的邪恶大计。在Heller的劝说下,Heller的”神父“选择帮助Heller复仇从而消灭幕后主使,并与线人“雅典娜”重新建立联系。
2.在吸收科纳克博士(记不太清楚,就是第一个被杀的进化体)后,主角从记忆中发现其实Alex才是幕后主使。从而开始将自己的目标重新转换为Alex。不久”神父“被Alex的进化体手下杀死。亲之如父的”神父“死亡,深爱之至的妻子女儿的死亡,让Heller的胸腔充满怒火,这时候线人“雅典娜”与Heller联系,让Heller到红区去找她,并且告诉他,他的女儿并没有死。Heller突然联想到自己并未看见女儿的尸体,心中存有希望,赶去红区。
3.赶去红区,找到了线人“雅典娜”,经过一系列交谈,Heller得知黑色守望正在准备“火鹰计划”,企图将整个红区肃清,而如果任其如此,会危及到自己在红区某处的女儿。就这样,Heller破坏了“火鹰计划”。之后Heller便去消灭黑色守望的最高指挥官,但在这过程中,Heller从指挥官与他人的通话中得知,指挥官也有自己的妻室和女儿,这让他联想到自己的遭遇,被爱奴隶而不忍下手,最终选择放过指挥官。之后指挥官为了报Heller的不杀之恩(也有被父爱感动,与Heller产生共鸣的影响)帮助Heller找到他的女儿,并掩盖真相杀死了自己的两个手下。但却没想到简塔克的负责人(暂称戈洛瓦) 成为了Alex的手下,变成进化体并抢先一步劫持了Heller的女儿。亲眼见到女儿被伤害的Heller终于爆发,仰天怒吼。Alex此时的已经注定灭亡。
4.在与“雅典娜”交代好照顾自己女儿的事情后,Heller便去寻找Alex进行决战。丧心病狂的Alex将自己身边所有的手下吸收,与Heller对决。Heller愈战愈勇,光芒大盛;而Alex节节败退,虽然身具强大的力量,却被拥有大量战斗技巧的特种兵Heller连败三次,最后被截断双臂,成为Heller身体的一部分。从记忆中得知,线人“雅典娜”即“Dana”是Alex的妹妹。而Heller也因吸收了Alex的巨大能量,释放出了覆盖了整个红区的触手,消灭了红区所有的行尸走肉。
5.结局,Dana,女儿Maya在楼顶相拥看黄昏,Heller因害怕自己的巨大改变给女儿带来影响,选择回避。就在他转身的时候,Maya抱住了他,父女相拥。Heller将脸埋在女儿的怀中。