藿香正气水不可以治疗灰指甲，灰指甲是由皮肤癣菌等致病真菌感染指甲的甲板所导致的病变，主要是使用抗真菌药物治疗，比如外用的阿莫罗芬搽剂、环吡酮胺搽剂，或者口服的伊曲康唑、特比萘芬等等，这些治疗灰指甲有效。
藿香正气水主要的成分是苍术、陈皮、厚朴、白芷、茯苓等，是以乙醇也就是酒精为辅料的一种中成药，主要的功效是解表化湿、理气和中。主要治疗因为外感风寒、内伤湿滞或者夏伤暑湿导致的感冒、头痛、胸膈痞闷、脘腹胀痛之类症状。但是藿香正气水里面的成分并无对皮肤癣菌有明确的抑制作用，所以用藿香正气水来治疗灰指甲无效。