1.地理位置的区别:温州站位于温州市鹿城区温州大道。是浙江金温铁道开发有限公司直属的“金温铁路”上的一等客运站。温州南站位于浙江省温州市瓯海区瓯海大道,为隶属于中国铁路上海局集团有限公司宁波车务段的客运一等站。
2.建站规模的区别:温州站车站占地面积15万平方米,主站房建筑面积3.6万平方米 ,拥有近6.5万平方米的站前广场。温州南站总用地面积190368平方米,其中站房面积71209平方米,第一候车室面积为1.1万平方米,第二候车室占地约4200平方米(2016年5月数据)。温州南站拥有天桥1座,地道1座,其中天桥宽15米,采用通透式玻璃墙和顶棚;雨棚采用无柱雨棚。
3.开行路线的区别温州站:1998年6月开站以来,每日开行从温州到成都东站、哈尔滨、北京、广州、汉口、贵阳站、南昌、南京站、阜阳、镇江、亳州、上海、杭州、金华等地16对列车,2016年5月16日起,温州火车站新开通一对温州至青岛的快速旅客列车。